Trotz der in der Geschichte des Käse beschrieben langen Haltbarkeit des Käses ist er nach heutigen Gesichtspunkten ein eher empfindliches Lebensmittel. Besonders durch eine Schlafmützigkeit in der Aufbewahrung kann er sehr schnell an Qualität einbußen: Unterkühlung, Wärme, Licht oder Zugluft können schädlich wirken.
Im allgemeinen sollen die Käsesorten kühl verpackt und dunkel gelagert werden. Sie weisen ihre höchsten Qualitätsmerkmale kurz vor dem Abschluss der Reifung auf. Nicht ausgereifter Käse reift bei luftiger und nicht zu kühler Lagerung nach, z.B. unter einer Käseglocke. Eine Käseglocke eignet sich auch gut zur Aufbewahrung der "stinkigen" Sorten wie Mainzer oder Harzer. Je nach Reifegrad kann der Reifungsprozess durch wärmere Lagerung beschleunigt oder durch kühlere bei 6 bis 8 Celsius verzögert werden.
Hartkäse verträgt Temperaturen bis 0 °C. Für Frischkäse sind Temperaturen um 4 °C günstig. Allerdings hemmen Temperaturen unter 6 °C die Aromabildung. Käsearten mit Rinde sind haltbarer als rindenlose. Speisequark hält sich in ungeöffneter Verpackung bei 4 °C bis zu 4 Wochen, in angebrochener Packung im Kühlschrank mehrere Tage. Bei Überlagerung werden Frischkäse schnell bitter und fangen an zu schimmeln. Eine beginnende Schimmelbildung an Hart- und Schnittkäsen kann großzügig abgeschnitten werden.

Unverpackte Käsearten trocknen im Kühlschrank aus, verlieren Aroma und beeinträchtigen die anderen Lebensmittel. Für eine längerfristige Lagerung eignen sich Verbund- oder Mehrschichtfolien. Sie haben keinen direkten Einfluss auf die mikrobiologischen Vorgänge, vermindern jedoch Austrocknung, Aromaveränderungen und andere unerwünschte Vorgänge. Auch in gelochte Frischhaltefolie oder Aluminiumfolie kann Käse zur Aufbewahrung im Kühlschrank gepackt werden.
Während Schnittkäse zur Unterdrückung der Schimmelbildung eine Verpackung von geringer Kohlendioxid-Durchlässigkeit braucht, benötigt Sauermilchkäse (Harzer, Mainzer) eine Verpackung mit hoher Kohlendioxid-Durchlässigkeit (Polypropylenfolie).
Licht verändert das Milchfett im Käse, so dass ein unangenehmer Geruch entsteht. Auch Vitamine gehen dabei verloren.
Originalverpackungen aus Kunststoff eignen sich für die Aufbewahrung von Käse am besten. Die aufgedruckten Mindesthaltbarkeitsdaten sind sorgfältig zu beachten. Alle Käse entfalten ihr Aroma besser, wenn sie eine Stunde vor dem Verzehr aus dem Kühlschrank genommen werden.


 
 



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